Simpson nunca quiso establecer una nueva iglesia, y al año de su muerte, 1919, su amada ACyM aún no lo era, sin embargo, el énfasis "Cristocéntrico" y misionero de su enseñanza ya hacía que muchos de sus seguidores se sintieran incómodos en sus respectivas denominaciones, formándose por ello pequeños grupos de creyentes que por muchos años fueron conocidos como “ramificaciones”, no iglesias. Mientras tanto la ACyM siguió enviando misioneros a los más diversos países del mundo, muchas de esa misiones prosperaron, pero muchas otras también terminaron cerradas, especialmente como consecuencia de la Segunda Guerra Mundial (1939-1945) durante la cual, conocieron la muerte otros diez misioneros aliancistas, entre ellos Robert A. Jaffray, internado en un campo de concentración japonés en Indonesia.
La guerra también truncó el trabajo aliancista en Vietnam, donde, en 1962, desaparecieron los misioneros Archie Mitchell y Ardel Vietti, apresados por el Vietcong junto al misionero Menonita Dan Gerber, en 1968, otros seis misioneros fueron asesinados y la obrera Betty Olsen apresada y luego ejecutada por las fuerzas comunistas.
Hacia mediados de los años setenta, se hizo cada vez más claro que la Alianza Cristiana y Misionera era sin lugar a dudas una nueva denominación. De ese modo se formalizó como iglesia independiente en 1974, formulando sus propias ordenanzas y constitución. En 1975, se organiza igualmente la Confraternidad Mundial Aliancista (Alliance World Fellowship (AWF)).
La ACyM se ha involucrado también en muchos otros tipos de trabajo misionero en la sociedad moderna, tales como: las comunicaciones, el servicio médico, la traducción y la ayuda solidaria al desarrollo económico. Aunque la gran mayoría de los misioneros de la ACyM siguen provieniendo de los Estados Unidos de América, obreros de otras nacionalidades también han sido apoyados por iglesias de sus respectivos países.
